Le gestionnaire de fenêtres
est un programme dont la tâche est de gérer les fenêtres affichées par l'interface
graphique. GNOME supporte plusieurs gestionnaires différents. Parmi ceux-ci,
citons AfterStep, WindowMaker, Sawfish, Fvwm et
d'autres encore. Enlightenment est le gestionnaire livré en standard
avec GNOME.
On peut installer tous ces gestionnaires sur les machines ; le choix d'utiliser l'un d'entre eux revient à l'utilisateur.